MOBY-S系统定义了一个基于语义（ontology）的信息标准，使程序可以在生物学数据仓库和数据分析中心之间自由的交换数据，避免了人工处理不同数据中的数据格式问题。网址：http://www.biomoby.org/。

BioMart由欧洲生物信息研究所（EBI）和冷泉港实验室（ESHL）共同开发的一套查询导向的数据管理系统，这个系统可以接受任意格式的数据，也可 以按照不同的需求安装不同的查询工具和界面，可谓相当灵活。由于其内部采用关系型的数据组织模式，所以更易于进行复杂的数据挖掘研究。 BioMart内建有针对处理大量数据的最佳化查询功能，以便处理基因组序列或是微阵列实验数据等。对于分布于网络的多个数据集的交叉查 询，BioMart使之成为可能，从而避免了将这些数据全都下载到本地然后再进行整合查询的麻烦。可以通过网络、图表或者使用Perl、JAVA等语言写 的程序来访问BioMart的数据。目前，BioMart支持关系型数据平台MySQL，Oracle以及Postgres。 另外，BioMart是开源的，遵守LGPL协议。 网址：http://www.biomart.org/

做多序列比对，比较常用的是CLUSTALW和T-coffee，这里还有一个叫做muscle（multiple sequence comparison by log-expectation）的多序列比对软件，它的平均精度和速度要超过CLUSTALW和T-coffee，具体的算法和用法请参阅其主页 （http://www.drive5.com/muscle/index.htm）上的文档，下面简单介绍一下它的安装和简单用法： 安装： 下载源码：http://www.drive5.com/muscle/downloads3.7/muscle3.7_src.tar.gz 解压：tar xvf muscle3.7_src.tar.gz 命令行下：make 回车 将生成一个muscle的可执行文件，这就是muscle，将他放在/usr/bin或者/usr/local/bin等文件夹里面，或做成软连接都可以。 使用： muscle -in seqs.fa -out seqs.afa 更常用的是： muscle -in seqs.fa -clwout seqs.aln 这将生成与CLUSTALW一样的结果文件。

Writing CGI Programs in Python By: Preston Landers 学习使用Python写CGI程序的很好的材料，认真读完，一路follow下来，你就学会怎么写了。 当然，懂一些基本的HTML语法知识是很有帮助的。 Python is a powerful, free, open source, general purpose, interpreted programming language. Python runs on a wide variety of platforms including Linux, Microsoft Windows (95/98/NT), Macintosh (including OS X), virtually every flavor of Unix, and many other platforms. Python is roughly comparable to Perl or Java, though it has [...]

备份：cp /etc/httpd/conf/httpd.conf /etc/httpd/conf/httpd.conf.bak 修改：vi /etc/httpd/conf/httpd.conf 找到<IfModule mod_userdir.c>，然后按照注释修改其中的信息。 chmod 711 $HOME 目录 chmod 755 $HOME/public_html目录 测试：在浏览器上打上http://localhost/~$HOME/,如果没有出现错误信息，就说明对了。搞定了。 如何让这个目录运行CGI等Perl或Python脚本呢？在/etc/httpd/conf/httpd.conf文件中找到这一行：#AddHandler cgi-script .cgi，去掉前面的注释；然后在上面第3步中修改内容的Options一行添加ExecCGI；重启服务：/etc/init.d/httpd restartOK！ 注：使用你的用户名来代替$HOME.

用数字来代表权限，1为执行，2为写，4为读，因为这三个数字每两个之和都是唯一的，所以，7代表所有权限，6代表读和写，5代表读和执行。 修改linux文件权限命令：chmod 用法：chmod XXX filename 　　×××（所有者\组用户\其他用户） 　　×=4 读的权限 　　×=2 写的权限 　　×=1 执行的权限 常用修改权限的命令： 　　chmod 600 ××× （只有所有者有读和写的权限） 　　chmod 644 ××× （所有者有读和写的权限，组用户只有读的权限） 　　chmod 700 ××× （只有所有者有读和写以及执行的权限） 　　chmod 666 ××× （每个人都有读和写的权限） 　　chmod 777 ××× （每个人都有读和写以及执行的权限）

南方暴雪动荡股市无耻藏独火车脱线手足口病汽车爆炸汶川地震 还会有吗？艰难的祖国，为您祈福。

为5.12地震遇难者默哀，为幸存者祈祷！

对Google的三个产品：Google scholar，Google Docs，Google Notebook，我有一个想法，就是将三个联系起来，使之成为科学工作者离不开的产品，从而替代目前的MS Office，SCI，EndNote，如果成功，我认为这对科学界是个极大的贡献，可以节省科学家们很多的时间。 Google的产品很好： Google scholar很好很强大，可以和SCI（科学引文检索），PubMed等媲美，搜索文献很好用； Google Docs可以方便科学家之间互相修改论文稿件，正如李开复博士今天的文章所讲，共享文档； Google Notebook可以随手记录我们的想法，以及任何自己想记录的东西； 但是： 科学论文一般都是有参考文献的，但是Google scholar提供的文献可以下载的格式是BibTex的格式； 即使用Google Docs写出文章来，我们仍然不能将我们的参考文献插入进去，除非手动，但这是噩梦； 最终，我们从Google Docs将文章下载到本地，从Google scholar下载参考文献到本地，并且转化为EndNote可以使用的格式，然后买了MS Office，买了EndNote软件（花了很多钱），最终才把文献插入，把文章完成。噩梦！ 为什么不这样？ Google Notebook为什么不可以有MyEndNoteWeb（SCI中的服务）的保存参考文献的功能？ Google scholar为什么不提供给Google Notebook可以直接导入的参考文献？他们为什么不可以互通？ 假如上面两个”为什么”都成为肯定了，那为什么不可以直接在Google Docs里面插入Google Notebook里面保存的文献呢？ 参考资料： ISI Web of Knowledge（SCI，科学引文检索网络版） CiteUlike EndNote MS Office 题外话： Google是个伟大的公司，她的产品使全球的人受益，她也努力使自己的产品变得更好。我喜欢Google，所以希望我的建议能使Google变得更好！

简评：这个课程对我们这些外行编程的人来说，非常好，我极力推荐大家阅读。 下文摘自：http://rl.rockiestech.com/node/167 Greg Wilson 的“Software Carpentry”课程是针对科研和工程人员设计的，鼓励规范、优良、高效编程的一个课程（http://www.swc.scipy.org/index.html）。按照作者的说法，是追求用10％的技巧解决90％的问题。这个课程对专业程序员也可能有不错的参考作用（after the best practice in industry:-）。Wilson的课程在上述的主页上以Python License发布，同时配有mp3课堂录音。这个课程是很值得推广的。作者提供的资料比较大纲化；最好的学习办法可能是配合录音阅读课程资料。然而一个中文的导读应该对读者很有帮助。所以我们建立了这个开放图书页面，大家可以以wiki的方式一起来讨论和制作一个导读。此课程以Python语言讲授；然而基本内容侧重软件工程，和编程语言关系不大。下面是作者的话和目录（http://osl.iu.edu/~lums/swc/）： Many scientists and engineers spend much of their lives writing,debugging, and maintaining software, but only a handful have ever beentaught how to do this effectively: after a couple of introductorycourses, they are left to rediscover (or reinvent) the rest ofprogramming on their own. The result? Most [...]