使用muscle来作蛋白质／核酸多序列比对

做多序列比对，比较常用的是CLUSTALW和T-coffee，这里还有一个叫做muscle（multiple sequence comparison by log-expectation）的多序列比对软件，它的平均精度和速度要超过CLUSTALW和T-coffee，具体的算法和用法请参阅其主页 （http://www.drive5.com/muscle/index.htm）上的文档，下面简单介绍一下它的安装和简单用法：

安装：
下载源码：http://www.drive5.com/muscle/downloads3.7/muscle3.7_src.tar.gz
解压：tar xvf muscle3.7_src.tar.gz
命令行下：make 回车
将生成一个muscle的可执行文件，这就是muscle，将他放在/usr/bin或者/usr/local/bin等文件夹里面，或做成软连接都可以。

使用：
muscle -in seqs.fa -out seqs.afa
更常用的是：
muscle -in seqs.fa -clwout seqs.aln
这将生成与CLUSTALW一样的结果文件。