Nature forum上的关于在生物信息学领域学习Perl和Python的讨论

http://network.nature.com/forums/bioinformatics/1611 看看顶级专家(也不一定是)是怎样认为的。

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哀悼与团结的曲线——来自谷歌

从 Google 黑板报 — Google 中国的博客网志 作者:joydandan 发表者:中国工程研究院工程师方坤 汶川大地震——这场三十年来降临在华夏大地上最大的一次灾难,令整个中国陷入巨大的震惊与无比的悲痛之中。仅仅在几天之前,”地震”仿佛还是一个与你我无关的字眼,”汶川”也不过是厚厚的地图集中一个无人知晓的偏僻的所在。而在今天,一切都改变了。 当我们依照惯例整理和分析谷歌搜索引擎的流量数据时,一条从未见过的曲线出现在我们面前。当意识到发生了什么事情时,我们的眼睛湿润了。 &nbsp 2008 年 5 月 19 日 14 时 28 分,全国人民默哀三分钟,悼念在汶川大地震中遇难的同胞。 中国网民——他们中很多人如此习惯于通过谷歌来搜寻生活、工作和学习中所需 的 各种信息。而在这一刻,他们——中国网民,散布在九百六十万平方公里神州大地上的中国网民,说着标准普通话的中国网民和带着四川、陕西、河南、浙江、广 东、安徽、贵州、福建口音的中国网民——在这一刻,他们全部放下手中的键盘和鼠标,立起身来,低下他们的头颅,为他们的祖国,为他们的同胞。那一刻,庄 严,肃穆。 所有人都这样做了;没有人监督,也不需要监督。这条谷歌搜索流量的曲线说明了一切。 在那一刻,谷歌的全体员工也放下手中的工作,齐聚会议室,为地震中遭遇不幸的同胞致哀,为我们多灾多难的民族祈祷。但我们的数据仪没有停止工作,它默默地记录下这条笔直下降的流量曲线。 2008 年的磨难把我们如此真切的凝聚在一起,2008 年的磨难让我们如此接近的与国家靠在一起。 如果机器也会思想,如果我们的数据仪也能读懂这条曲线背后的含义,它也会流泪吗? 或者,它更应该感动?因为它看到—— 一个伟大的民族,在巨大的悲痛中低下她的头颅。而当她擦干眼泪,她的头颅扬得更高。

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使用Python/BioPython解析BLAST结果

在生物信息学中,对BLAST结果文件的解析是最为普遍的一个工作之一,在Perl中有BioPerl可以解析,而在Python中也有 BioPython,并且解析起来非常方便。由于BLAST的版本升级比较快,它的结果输出文件的格式有时也会相应变化,因此为了能正确的解析BLAST 结果,在做BLAST的时候使用’-m 7′参数,使输出结果保存为xml的格式,这是由于xml的格式很少随着BLAST的版本而发生变化,所以推荐使用xml文件来做自动化分析,这能保证我 们的程序能准确的解析BLAST结果。下面的代码是一个简单的框架,可以在此基础上添加内容以满足自己的需要: #!/usr/bin/python “”" DESCRIPTION Frame for parsing BLAST report AUTHOR Wubin Qu: quwubin@gmail.com “”" from Bio.Blast import NCBIXML def parseBlast (result_file): result_handle = open(result_file) blast_parser = NCBIXML.BlastParser() blast_records = blast_parser.parse(result_handle)record_list = list(blast_records) expects = [] for record in record_list: for alignment in record.alignments: for hsp in alignment.hsps: # Do whatever you want, such as expects.append(hsp.expect) return expects def main (): expects = parseBlast(Blast_report_file) print expects if __main__ == ‘__main__’: main()

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Python 获取用户主目录$HOME

usr_home = os.path.expanduser(’~')

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Python 获取脚本所在目录,不是运行目录

获取脚本所在目录: os.path.split( os.path.realpath( sys.argv[0] ) )[0] 获取程序运行目录: os.getcwd()

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三天哀悼四川汶川大地震遇难同胞

坚决支持国务院的决定! 新华网北京5月18日电 据中国政府网报道,国务院今天发布公告宣布,为表达全国各族人民对四川汶川大地震遇难同胞的深切哀悼,国务院决定,2008年5月19日至21日为全国哀悼日。公告全文如下: 国务院公告 为 表达全国各族人民对四川汶川大地震遇难同胞的深切哀悼,国务院决定,2008年5月19日至21日为全国哀悼日。在此期间,全国和各驻外机构下半旗志哀, 停止公共娱乐活动,外交部和我国驻外使领馆设立吊唁簿。5月19日14时28分起,全国人民默哀3分钟,届时汽车、火车、舰船鸣笛,防空警报鸣响

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Fedora 8下安装永中office

永中office是一款夸平台的office应用软件,使用JAVA写成,它的界面和MS office 2003非常相似,适合习惯了MS office 2003的用户使用,可以从这个网址http://www.evermoresw.com/webch/download/download.jsp下载 使用版,有30天试用期,但即使过了试用期,你也可以照常使用,只是在每次打开永中office时,会出现一个过期的对话框,点击取消(好像是这个),就 可以正常使用了。 介绍一下在Fedora 8下怎么安装永中office吧,其实非常简单,下载完成之后,他是一个EIO2007_Trial_ZH_Lin.tar.gz类似的包,放在任何一个地方,用下面命令解压: # tar xvvf EIO2007_Trial_ZH_Lin.tar.gz 这时候会解压出来一个文件夹,cd 进去, # cd 文件夹 #chmod a x setup.sh # su 键入root密码, #./setup.sh 将会出现一个图形界面的安装界面,和Windows下面安装软件非常相似,也很简单,按照提示一步一步来就完成了。 Enjoy it !

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Reverse String 反转字串

def reverseString(s): “”"Reverses a string given to it.”"” return s[::-1] 很神奇,从网上搜的,但不明白原理,您要知道的话,麻烦告诉我,多谢!

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使用Firefox插件BioBar来让你的科研更顺利

Biobar - A toolbar for browsing biological data and databases. http://biobar.mozdev.org/ 这是非常有用的火狐插件,专为生物科学工作者而设计的! 里面包括了常用的生物信息学的网站,比如NCBI,EBI,DDBJ等。 你可以将PubMed设成你的默认数据库,这样就拥有了一个PubMed 的ToolBar,查找文献非常方便。是所有生物科学工作者必备的 火狐插件,强烈推荐!

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写程序千万要细心

将#!/usr/bin/env python一不小心写成了#/usr/bin/env python,哎,害惨我了,让我找了许久! 一定得细心。

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